Le film a reçu un accueil extrêmement positif. L'agrégateur de critiques Rotten Tomatoes lui accorde la note de 98 % ainsi que le label « Certified Fresh », et résume « Blackfish est un documentaire agressif et passionné qui va faire changer le regard que vous portez sur les spectacles d'orques ».
Le Deseret News l'a défini de la façon suivante : « un exemple saisissant de documentaire parmi ce qui se fait de mieux ». Twitch Film et The Hollywood Reporter ont tous deux loué Blackfish, soutenant que le film est « un exemple persuasif contre la captivité de l'espèce - et, par extension, de n'importe quel animal sauvage - dans le simple but de divertir les humains ». Film School Rejects a donné au documentaire la note de B- et écrit qu'il « ne propose jamais quoi que ce soit de vraiment innovant, mais que ce qu'il montre se caractérise par son extrême importance » et qu'il s'inclinait devant cette prise de position.
Par ailleurs, la famille de Dawn Brancheau, soigneuse tuée par Tillikum, et dont l'histoire est l'objet de Blackfish, ne cautionne pas le film.